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Devido ao WO aplicado pelo Ilhabela sobre o Lechuza na última rodada da fase de classificação do Paulista B desse ano, a divisão acabou ficando com dois últimos colocados (a Medicina já havia aplicado um WO diante do Tornados na rodada do dia 10/09) o que não estava previsto no regulamento.
Dessa forma, interpretando o regulamento, decidiu-se por utilizar os critérios de desempate para definir as posições finais da competição. Assim sendo, a Medicina está automaticamente rebaixada para a Série C em 2017, cabendo ao Ilhabela disputar a repescagem contra o vice-campeão da Série C desse ano, ainda a ser definido, fora de casa.
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Assim ficou a classificação final do campeonato
| Clube | País | Jogos | Pontos |
|---|---|---|---|
| Grupo 1 | |||
| Rovigo | Itália | 4 | 15 |
| Heidelberger | Alemanha | 4 | 15 |
| Fiamme Oro | Itália | 4 | 12 |
| VRAC | Espanha | 4 | 09 |
| Grupo 2 | |||
| Timisoara Saracens | Romênia | 4 | 19 |
| Direito | Portugal | 4 | 06 |
| Mogliano | Itália | 4 | 02 |
| Kituro | Bélgica | 4 | 00 |
